Key learning objectives

• Explore the first-hand experience of automation-enabled miniaturization of mRNA-seq
• Learn about the first-hand experience of the utility of mosquito and dragonfly discovery for NGS in a shared core facility
• Understand the fundamental mechanism of molecular clocks and their impact on physiology, using skeletal muscle as a tissue focus
• Discover the application of sequencing tools to investigate the influence of circadian rhythms, particularly with aging

Elucidating cost-effective miniaturized mRNA-seq library construction and implications for the study of circadian rhythms

Dr. Esser’s group at the University of Florida previously showed that cellular circadian clocks direct a daily transcriptional program that supports homeostasis and resilience. To further learn the age-associated changes in circadian functions, they profiled the circadian transcriptome in different tissues including skeletal muscle, the heart, and others. This study has more than 440 samples.

To speed up the library construction and potentially save reagents cost, we manually tested ½x, ¼x, 1/5x and 1/10x reduced reaction volumes for RNA-seq library construction using NEB Ultra Directional RNA-seq kit. The results showed that 1/5x gave us reliable results. Thus, by leveraging the mosquito® and dragonfly® discovery automated liquid handling systems for mRNA-seq library construction with 1/5x reduced reaction, reagent costs were reduced five-fold via miniaturization whilst maximizing the reliability of an automated workflow.

ITALIANO

Principali obiettivi di apprendimento

Esplora l'esperienza di prima mano della miniaturizzazione abilitata all'automazione di mRNA-seq

Scopri l'esperienza diretta dell'utilità della scoperta di zanzare e libellule per NGS in una struttura centrale condivisa

Comprendere il meccanismo fondamentale degli orologi molecolari ed il loro impatto sulla fisiologia, utilizzando il muscolo scheletrico come focus tissutale

Scopri l'applicazione degli strumenti di sequenziamento per studiare l'influenza dei ritmi circadiani, in particolare con l'invecchiamento

Informazione

Chiarire la costruzione della libreria mRNA-seq miniaturizzata conveniente e le implicazioni per lo studio dei ritmi circadiani

Il gruppo del Dr. Esser presso l'Università della Florida ha precedentemente dimostrato che gli orologi circadiani cellulari dirigono un programma trascrizionale quotidiano che supporta l'omeostasi e la resilienza. Per apprendere ulteriormente i cambiamenti associati all'età nelle funzioni circadiane, hanno profilato il trascrittoma circadiano in diversi tessuti tra cui il muscolo scheletrico, il cuore ed altri. Questo studio ha più di 440 campioni.

Per accelerare la costruzione della libreria e potenzialmente risparmiare sui costi dei reagenti, abbiamo testato manualmente volumi di reazione ridotti di ½x, ¼x, 1/5x e 1/10x per la costruzione della libreria RNA-seq utilizzando il kit NEB Ultra Directional RNA-seq. I risultati hanno mostrato che 1/5x ci ha dato risultati affidabili. Pertanto, sfruttando i sistemi automatizzati di gestione dei liquidi per la scoperta di mosquito® e dragonfly® per la costruzione di librerie mRNA-seq con una reazione ridotta di 1/5 volte, i costi dei reagenti sono stati ridotti di cinque volte tramite la miniaturizzazione, massimizzando al contempo l'affidabilità di un flusso di lavoro automatizzato.