L'Ente Parco è sottoposto alla vigilanza del Ministero dell'Ambiente. Il decreto istitutivo che ha segnato la nascita di questo Parco Nazionale è assai recente, si tratta del Decreto del Presidente della Repubblica del 21 maggio del 2001, è tra i quattro Parchi Nazionali più giovani d'Italia e nasce dall'unione di territori appartenuti in precedenza a Parchi regionali, quello del Gigante e quello dei Cento Laghi, insieme a territori che non erano mai entrati a far parte di aree protette.